В настоящее время университет представляет из себя крупный территориально-отраслевой образовательный комплекс, который объединяет головной вуз, 6 филиалов (в городах Казани, Самаре, Перми и Астрахани, Уфе и Рыбинске), Нижегородское речное училище имени И.П. Кулибина, центр обучения, переподготовки и повышения квалификации руководящих работников и специалистов водного транспорта, комплекс судовых тренажеров и ряд научно-исследовательских подразделений.
Специалисты готовятся для всей инфраструктуры водного транспорта, которая включает флот, порты, судоремонтные предприятия, учебные заведения, научно-исследовательские институты и другие подразделения отрасли. Обучение ведется по специальностям среднего профессионального образования, высшего образования (бакалавриат, специалитет, магистратура), а также по рабочим профессиям.